Το Γυμνάσιο Αγίου Αθανασίου άρχισε τη λειτουργία του τον Σεπτέμβριο του 1999 με δέκα τμήματα, πέντε στην Α’ και πέντε στη Β΄ τάξη με 240 μαθητές. Τη σχολική χρονιά 2000-2001 λειτούργησαν και οι τρεις τάξεις του Γυμνασίου.
Φέρει το όνομα του Αγίου Αθανασίου, καθώς είναι κτισμένο στα όρια του Δήμου Αγίου Αθανασίου, που βρίσκεται τρία χιλιόμετρα βορειοανατολικά της Λεμεσού και ο οποίος πήρε το όνομά του από τον πολιούχο Άγιο της κοινότητας. Ο Άγιος Αθανάσιος απεικονίζεται στο έμβλημα και στην επίσημη σφραγίδα του σχολείου.
Στο σχολείο φοιτούν μαθητές και μαθήτριες από τις περιοχές του Αγίου Αθανασίου, Πεντακώμου, Αγίου Τύχωνα, Μαθηκολώνης, Πύργου, Ακρούντας, Αρμενοχωρίου, Αψιού, Βάσας Κελακίου, Γερμασόγειας, Εφταγώνιας, Μέσα Γειτονιάς, Μοναγρουλίου, Μουτταγιάκας, Παρεκκλησιάς, Φοινικαριών, Αγίας Φύλας, Αγίας Τριάδας και Αγίου Νικολάου. Φοιτούν, επίσης, παιδιά από πολλές χώρες που για διάφορους λόγους διαμένουν στην Κύπρο.
Στο σχολείο από τη σχολική χρονιά 2024-2025 λειτουργεί και τμήμα μαθητών με μεταναστευτική βιογραφία.
Οι κτηριακές εγκαταστάσεις του σχολείου αποτελούνται από Αίθουσες διδασκαλίας, Γραφεία, Αίθουσα πολλαπλής χρήσης, Αποδυτήρια, Χώρους αθλοπαιδιών, Γήπεδα Καλαθόσφαιρας, Πετόσφαιρας και Ποδοσφαίρου, Εργαστήρια Ηλεκτρονικών Υπολογιστών, Χημείας, Φυσικής, Βιολογίας, Τεχνολογίας, Οικιακής Οικονομίας, Αίθουσα Μουσικής, Τέχνης, Ιατρείο, Βιβλιοθήκη, Αίθουσες Διδακτικού Προσωπικού και χώρους στάθμευσης.
Οι εκπαιδευτικοί του σχολείου συνεργάζονται στενά και εμπλέκουν τους μαθητές και τις μαθήτριες σε διάφορα εκπαιδευτικά προγράμματα και δραστηριότητες (π.χ. Erasmus +) με σκοπό τη δημιουργία κριτικά και δημοκρατικά σκεπτόμενων πολιτών σύμφωνα με τους στόχους του ΥΠΑΝ.
